文档拆分一（拆分NCBI中fasta格式的文档） - 中国DOS联盟论坛

在国立生物技术信息中心（NCBI）中的碱基序列下载后，是在一个文件中，文档扩展名为.fasta，很多个序列都在一个文档中，使用起来不是太方便，请大家帮我看看能否用拆分文本文档的方法拆分（扩展名为.fasta，可以用写字板打开）。

要求：
1、将文件从空行处拆分为单个文件
2、将每段中如'>gi|167427515|gb|'后面的字符如''EU289029’'提取出来做为文件名
3、将拆分后文件的扩展名改为.seq

多谢各位大侠了。

文本样式下载地址： http://biogene.ys168.com/?jdfwkey=wwmfl1
文本样式：
>gi|167427515|gb|EU289029.1| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome
ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT
GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG.........................

>gi|167424515|gb|EU289029.1| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome
ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT
GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG.........................

>gi|218511471|gb|FJ480823.1| Newcastle disease virus strain Go/CH/HLJ/2/06 fusion protein (F) mRNA, complete cds
ATGGGCTCCAGACCTTCTACCAAGAACCCAGCACCTATGATGCTGACTATCCGGGTCGCGCTGGTACTGA
GTTGCATCTGTCCGGCAAACTCCATTGATGGCAGGCCTCTTGCAGCTGCAGGAATTGTGGTTACAGGAGA.............................

>gi|167427515|gb|EU289029.1| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome
ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT
GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG.........................

[ Last edited by biogene on 2009-5-22 at 23:10 ]

第1楼　biogene	发表于 2009-05-23 00:48
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[求助成功]文档拆分一（拆分NCBI中fasta格式的文档）在国立生物技术信息中心（NCBI）中的碱基序列下载后，是在一个文件中，文档扩展名为.fasta，很多个序列都在一个文档中，使用起来不是太方便，请大家帮我看看能否用拆分文本文档的方法拆分（扩展名为.fasta，可以用写字板打开）。要求： 1、将文件从空行处拆分为单个文件 2、将每段中如'>gi\|167427515\|gb\|'后面的字符如''EU289029’'提取出来做为文件名 3、将拆分后文件的扩展名改为.seq 多谢各位大侠了。文本样式下载地址： http://biogene.ys168.com/?jdfwkey=wwmfl1 文本样式： >gi\|167427515\|gb\|EU289029.1\| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG......................... >gi\|167424515\|gb\|EU289029.1\| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG......................... >gi\|218511471\|gb\|FJ480823.1\| Newcastle disease virus strain Go/CH/HLJ/2/06 fusion protein (F) mRNA, complete cds ATGGGCTCCAGACCTTCTACCAAGAACCCAGCACCTATGATGCTGACTATCCGGGTCGCGCTGGTACTGA GTTGCATCTGTCCGGCAAACTCCATTGATGGCAGGCCTCTTGCAGCTGCAGGAATTGTGGTTACAGGAGA............................. >gi\|167427515\|gb\|EU289029.1\| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG......................... [ Last edited by biogene on 2009-5-22 at 23:10 ]

第2楼　yishanju	发表于 2009-05-23 00:56
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贴下载地址

第3楼　biogene	发表于 2009-05-23 01:14
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下载地址已经贴上了，在我的永硕网盘http://biogene.ys168.com/?jdfwkey=wwmfl1 －－－一般文件－－ NCBI文件样式.fasta [ Last edited by biogene on 2009-5-22 at 18:18 ]

第4楼　netbenton	发表于 2009-05-23 01:39
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@echo off&setlocal enabledelayedexpansion for /f "delims=" %%a in (NCBI文件样式.fasta) do ( for /f "tokens=4 delims=\|" %%b in ("%%a") do (if "%%b" neq "" set name=%%~nb.seq) echo %%a>>!name! ) pause

第5楼　biogene	发表于 2009-05-23 06:40
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很好用，谢谢netbenton的帮助