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中国DOS联盟论坛 » DOS批处理 & 脚本技术（批处理室） » [求助成功]文档拆分一（拆分NCBI中fasta格式的文档）查看 778　回复 4

楼主 [求助成功]文档拆分一（拆分NCBI中fasta格式的文档）发表于 2009-05-23 00:48　·　中国北京中国电信北京研究院

biogene

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在国立生物技术信息中心（NCBI）中的碱基序列下载后，是在一个文件中，文档扩展名为.fasta，很多个序列都在一个文档中，使用起来不是太方便，请大家帮我看看能否用拆分文本文档的方法拆分（扩展名为.fasta，可以用写字板打开）。

要求：
1、将文件从空行处拆分为单个文件
2、将每段中如'>gi|167427515|gb|'后面的字符如''EU289029’'提取出来做为文件名
3、将拆分后文件的扩展名改为.seq

多谢各位大侠了。

文本样式下载地址： http://biogene.ys168.com/?jdfwkey=wwmfl1
文本样式：
>gi|167427515|gb|EU289029.1| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome
ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT
GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG.........................

>gi|167424515|gb|EU289029.1| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome
ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT
GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG.........................

>gi|218511471|gb|FJ480823.1| Newcastle disease virus strain Go/CH/HLJ/2/06 fusion protein (F) mRNA, complete cds
ATGGGCTCCAGACCTTCTACCAAGAACCCAGCACCTATGATGCTGACTATCCGGGTCGCGCTGGTACTGA
GTTGCATCTGTCCGGCAAACTCCATTGATGGCAGGCCTCTTGCAGCTGCAGGAATTGTGGTTACAGGAGA.............................

>gi|167427515|gb|EU289029.1| Newcastle disease virus strain VG/GA clone 5, complete genome
ACCAAACAGAGAATCCGTGAGTTACGATAAAAGGCGAAGGAGCAATTGAAGTCGCACGGGTAGAAGGTGT
GAATCTCGAGTGCGAGCCCGAAGCACAAACTCGAGGAAGCCTTCTGCCAACATGTCTTCCGTATTCGACG.........................

[ Last edited by biogene on 2009-5-22 at 23:10 ]

第 2 楼发表于 2009-05-23 00:56　·　中国北京联通

yishanju

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[b]看你妹啊[/b]

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评分人	分数	时间
biogene	+1	2009-05-23 01:20

有问题请发论坛或者自行搜索,再短消息问我的统统是SB

第 3 楼发表于 2009-05-23 01:14　·　中国北京中国电信北京研究院

biogene

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下载地址已经贴上了，在我的永硕网盘http://biogene.ys168.com/?jdfwkey=wwmfl1 －－－一般文件－－ NCBI文件样式.fasta

[ Last edited by biogene on 2009-5-22 at 18:18 ]

第 4 楼发表于 2009-05-23 01:39　·　中国广东东莞电信

netbenton

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@echo off&setlocal enabledelayedexpansion

for /f "delims=" %%a in (NCBI文件样式.fasta) do (

    for /f "tokens=4 delims=|" %%b in ("%%a") do (if "%%b" neq "" set name=%%~nb.seq)

    echo %%a>>!name!

)

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评分人	分数	时间
biogene	+1	2009-05-23 05:53

精简
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第 5 楼发表于 2009-05-23 06:40　·　中国北京联通

biogene

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很好用，谢谢netbenton的帮助

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