两种启动盘，在 config.sys 里就差那一行，为什么加载 EMM386 比不加载 EMM386，运行 Ghost，速度低 15％ 之多。

如果真的是EMM386的原因，可能就是它导致的内存问题了。EMM386其中一个功能，就是把连片的扩展内存XMS模拟成分块的扩充内存EMS，而EMS的速度要比XMS慢得多。
试试加载EMM386时加NOEMS参数，这样就不使用EMS，如果这时还是慢，那可能就是EMM386本身的问题了。