MSDOS.SYS中文名称叫文件管理程序，是DOS系统中的核心文件，所以又被称为DOS内核，在PC-DOS中该文件名为IBMDOS.COM。
IO.SYS模块的系统初始化程序取得控制权后，它即装入并定位MSDOS.SYS模块，同时调用内核初始化程序DOSINIT，完成对DOS内核的初始化。
MSDOS.SYS模块实施DOS操作系统的文件管理，并提供诸多的系统功能调用。它也由两部分组成：
1、内核初始化程序DOSINIT；
2、系统功能调用程序。
内核初始化程序DOSINIT的主要工作有如下4个方面：
1、设置DOS的有关中断向量；
2、检查IO.SYS模块中设备头（相当于设备控制块）的链接结构，并完成对它们的初始化；
3、建立块设备相应的驱动器参数表（DPB）；
4、按照CONFIG.SYS中的BUFFERS命令，开辟并建立系统的磁盘缓冲区链。
DOSINIT完成上述4项任务之后，控制又返回到SYSINIT。
系统功能调用程序主要指INT 21H（
H是十六进制的标识）中断处理程序，当前的微处理器都支持多种类型的中断，按照产生中断的原因，可分为外部硬件中断、内部硬件中断以及软中断三大类。Intel86系列的微处理器可支持256种中断，中断号为00-FFH，即3种类型的全部256种中断，都由一个唯一的中断来标识。INT 21H属于软中断，它是由于CPU执行一条INT n指令而引起的程序中断(
n为中断号）。
MS-DOS的系统功能约100多种，用以实现字符设备管理、时钟管理、磁盘管理、文件和目录操作、记录读写、内存管理、程序执行、网络共享等。每一种功能都对应一个“功能”号。只要把功能号预先送入AH寄存器（
CPU的一种通用寄存器，用以数据的寄存），并按要求设置相应的入口参数，然后执行一条INT 21H指令，即可根据提供的功能号进行转散，以中断方式完成对某一系统功能的调用。
